Zasady wzajemnej zgodności (ang. Cross compliance ) określają wymóg zgłaszania zwierząt do rejestru. Przepisy systemu identyfikacji i rejestracji zwierząt zawierają wiele szczegółowych zapisów (dostępnych m.in. na stronie internetowej ARiMR Kielce).
Wpisów w księdze rejestracji dokonuje się w sposób czytelny i trwały, w terminie 7 dni od dnia, w którym nastąpiło zdarzenie powodujące obowiązek wpisu. Zmiany wpisów powinny pozwalać na odczytanie zmienionego wpisu.
Posiadacz owiec lub kóz co najmniej raz na dwanaście miesięcy, nie później niż w dniu jesiennego przeglądu stada, powinien dokonać spisu owiec i kóz oraz umieścić w księdze rejestracji liczbę zwierząt ustaloną podczas spisu. Liczbę tę wraz z numerami identyfikacyjnymi należy przekazać kierownikowi biura powiatowego ARiMR Poznań w terminie 7 dni od dnia dokonania spisu.
Dane o zwierzęciu zawarte w księdze rejestracji należy przechowywać przez okres 3 lat od dnia gdy zwierzę ubyło ze stada. Jeśli księga rejestracji zwierząt jest prowadzona przy zastosowaniu systemów informatycznych, należy zapewnić ochronę danych przed utratą.
Księgi rejestracji bydła i trzody można otrzymać w każdym powiatowym oddziale ARiMR.